Bau kotoran puyuh lebih menyengat dibandingkan dengan kotoran ayam atau unggas lain. Apalgi bila puyuh diberi pakan dengan yang berkadar protein tinggi. Namun, kotoran puyuh masih dapat dimanfaatkan sebagai pupuk yang sangat baik untuk tanaman sayur, tanaman hias, dan campuran bahan pakan (konsentrat) ternak. Kotoran puyuh mengandung zat makanan yang tidak tercerna selama melewati saluran pencernaan dan sejumlah hasil metabolisme yang masih mempunyai nilai gizi bila diberikan kembali sebagai makanan unggas atau mamalia.
Kandungan gizi kotoran puyuh sangat bervariasi, tergantung ransum, temperatur lingkungan, kandungan air dan cara penyimpanan serta pengolahannya. Oleh sebab itu, kotoran-kotoran tersebut harus ditangani secara baik agar tidak menimbulkan masalah bagi kesehatan. Kotoran puyuh juga mengandung zat-zat yang bersifat patogen, kandungan serat kasar dan asam urat tinggi, tetapi energinya rendah. Kandungan zat makanan yang terkandung dalam kotoran puyuh seperti tabel di bawah ini.
| Zat makanan | Prosentase (%) |
| Air | 11,52 |
| Abu | 17,40 |
| Protein kasar | 32,39 |
| Serat kasar | 12,1 |
| Lemak kasar | 1,68 |
| BETN | 24,91 |
| Kalsium | 3,39 |
| Fosfor | 2,35 |
| Protein Murni | 20,06 |
Kotoran puyuh dapat diambil setiap hari karena puyuh banyak mengeluarkan kotoran. Pengelolaan kotoran dilakukan dengan mengumpulkan kotoran puyuh dari papan penampung kotoran disetiap unit kandang. Kotoran ini kemudia dijemur, lalu digiling halus atau ditumbuk sampai halus. Kotoran halus tersebut siap digunakan sebagai campuran pakan ternak.
Pengelolaan lain dilakukan dengan memeram kotoran dalam keadaan anaerob (tertutup rapat tanpa oksigen) sampai keluar belatungnya. Belatung inilah yang dijadikan pakan ternak. Bila hendak dijadikan pupuk, kotoran dicampur tanah dengan perbandingan 1:1 terlebih dahulu dan disimpan selama 1-2 bulan dalam suasana aerob hingga matang. Pada saat penyimpanan, terdpat aktivitas mikroba alamiah seperti cendawan, bakteri, protozoa dan cacing. Hasilnyapengolahan kotoran tersebut digunakan sebagai pupuk organik.
